Os recursos federais, depois de sua transferência a estados e municípios mediante convênios, sujeitam-se à prestação de contas perante o órgão detentor da dotação originária e, no âmbito do controle externo, submetem-se, exclusivamente, aos respectivos tribunais ou conselhos de contas, em consonância com o princípio da autonomia dos entes federados.
